胰腺枪弹损伤预后

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TUhjnbcbe - 2021/6/24 1:15:00
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没有样本,没钱测序,如何拿别人的数据来发自己的文章呢?

公共数据库挖掘呀!

众所周知,TCGA和GEO是最著名的两大公共数据库,前者主要存储高通量(二代测序)数据的肿瘤样本数据(TCGA的0代码可视化已被临床生信之家实现)。

后者GEO数据库全称GeneExpressionOmnibusdatabase,是由美国NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于年,论文中涉及到的基因表达检测的数据几乎都提交到了这个数据库。

GEO除了二代测序数据,还包含芯片测序、单细胞测序数据,样本数据也不限于肿瘤。不同于TCGA的规整数据,GEO芯片数据由于芯片平台(公司)不同,需要进行ID转换(芯片ID对应基因)、数据标准化、去批次效应后,才能进行数据分析,这也是GEO数据挖掘的难点,很多科研萌新一看到眼花缭乱的数据,瞬间懵逼了。

好在,为“生信分析0代码”而生的临床生信之家,继解决TCGA数据后,1月29日今天上午,终于开始录入GEO数据了,这预示中文版GEO数据库的到来!

从体验看,其有以下特点:

1.所有数据都来之GEO,以上提到的难弄的数据预处理过程均自动完成。

2.临床生信之家一贯的:无需代码基础,鼠标点点点即可完成ID转换,数据标准化,去批次,高清出图,原始数据下载一气呵成!

3.数据集介绍全部实行中英文对照。

这样的“中文版GEO数据库”你爱不爱呢?!

临床生信之家之前发起了一个调查,就是GEO数据库你最想录入的是哪些疾病的数据:

从结果看,心血管,脓*症,肺损伤,糖尿病,胰腺炎排名前五,我们今天就拿心血管为例,看看如何在临床生信之家上点点点分析geo的心血管数据。

首先选择GEO分析模块,选择数据集筛选,搜索框中直接输入心血管方向的“高血压”。

右边可以选择是匹配标题还是摘要还是实验设计类型,此处我们选择标题。

临床生信之家

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